Впервые название Цесис упомянуто в 1206 году в хрониках Индрика. Первые сведения о городе исходят из Риексту калнса (Ореховая гора), именно здесь в XI - XIII вв. находился укрепленный деревянный замок вендов. Примерно в 1209 году немецкие крестоносцы приступили к строительству каменного замка, который вскоре стал политическим центром Ливонского ордена. В конце XIV - начале XV века Цесис становится членом Ганзейского союза и на протяжении столетия переживает стремительный расцвет. До XVI века на городе почти не отразились различные военные и боевые действия, но последующие события существенно изменили вид и образ жизни города. Новый этап расцвета город испытывает во второй половине XIX века – со строительством Видземского шоссе (1889 г.) и железнодорожной линии Рига – Валка (1889 г.). В 1919 году здесь происходили важные для истории Латвии бои за освобождение. В советские годы был очень популярен туристический объект здоровья и отдыха - санаторий «Цирулиши».  В наши дни Цесис и развалины замка (построен современный центр для посетителей) являются одним из популярнейших мест латвийского туризма.